三岁宝宝消化不良时，可口服一些助消化的药物，比如鸡内金散、健胃消食口服液、醒脾养儿颗粒以及益生菌等药物治疗。

小儿消化不良多表现为食欲较差，大便干结或者有奶瓣、挑食、部分伴有口臭、舌苔发黄、变厚或者出现睡觉不安稳等症状。此时都可给一些促进消化以及健脾养胃的药物，帮助小儿消化。另外，小孩儿食物种类应避免过于单一，适当的食用粗粮及蔬菜保证营养的均衡，少吃零食以及过于油腻的食物，亦有部分帮助缓解消化不良的症状。