导致肾结石的病因有喝水少、营养物质代谢障碍、遗传因素以及慢性的泌尿系统感染。

肾结石的患者通常都会有腰背部的酸胀或者不适，少有患者会出现疼痛的症状，导致肾结石的最常见的病因是喝水少。如果喝水少，尿液就会浓缩，本身溶解于尿液内的有机盐会析出形成结晶，逐渐的汇聚在一起，就变成了结石。慢性尿路感染的患者有些细菌会代谢出磷酸盐，磷酸盐会汇聚在一起，变成结石。有些人是遗传因素导致的反复结石发作，这样的患者产生胃结石，成分通常都是胱氨酸、半胱氨酸。结石在肾盂内时不会引起明显的疼痛，但是一旦掉落至输尿管，就会引起剧烈的腰背部疼痛以及肉眼血尿。