在妊娠两三个月出现胎停育的原因并不是十分明确，可能与多种因素有关，主要的病因包括胚胎因素、母体因素、父亲因素以及环境因素。

胚胎因素是指胚胎或胎儿的染色体存在异常，包括结构或者是数目异常。母体因素，主要是指母亲有全身性的疾病，母亲的生殖器存在异常，母亲存在内分泌异常，受到了强烈的应激刺激，以及存在不良的生活习惯，免疫功能存在异常等等。父亲因素，主要是精子的染色体异常，会导致胎停育的发生。环境因素，主要是指人体接触过多放射线以及有毒有害的化学物质。胚胎停止发育是指妊娠早期，由于某种原因导致胎儿发育停止，引起胎儿死亡。