跑步后膝盖后面的脚窝及酸痛，如果是短期内，可能是由于运动突然增加，所导致的肌肉这个筋膜的一个受伤或者是疲劳所产生的一个无菌炎症。

那么此时我们可以通过休息、制动、抬高患肢、热敷或者冷敷，非甾体抗炎药物以及活血化瘀药物来治疗。如果经常出现，那么我们需去医院做膝关节磁共振检查，以判断其是否是由于半月板损伤以及骨性关节炎所导致。半月板损伤的话，根据严重程度行保守治疗药物以及手术治疗。膝关节骨性关节炎，那么我们也要根据病情的严重程度，轻度的给予休息，硫酸亚基葡萄糖口服以及玻璃酸钠等治疗，严重的可能需要关节镜以及开放性的单髁置换，以及全膝关节置换手术来治疗。