自身免疫性脑炎主要是由于患者自身的免疫系统，自己攻击自己所引起来的。

如果患者体内存在着很多诱因，比如肿瘤。此时，患者的免疫系统就可攻击肿瘤，在攻击肿瘤的过程中也可攻击自身。此时就有可能形成自身免疫性脑炎。另外，如果患者存在免疫功能异常或者有免疫系统疾病，也可出现自身免疫性脑炎。很多自身免疫性脑炎的患者一般都合并肿瘤，而且，合并畸胎瘤的可能性非常高。自身免疫性脑炎治疗比较困难，预后也是比较差的。