手足口病疱疹发痒与感染的肠道病毒类型有关，一般的手足口病的疱疹不痛不痒。某些个别类型肠道病毒：如柯萨奇a6和柯萨奇a10所致的皮损严重，皮疹可表现为大疱样改变，伴有疼痛及痒感，而且不局限于手足口部位，可伴有咳嗽，流涕，食欲不振等。部分病例仅表现为皮疹或疱疹性咽峡炎，个别病例也可以没有皮疹。部分手足口病例多见于科萨奇a6科萨奇a10感染者，在病后2至4周有脱甲的症状，新指甲与1至2月长出大多数患儿预后良好，一般在一周内痊愈，无后遗症。