婴儿发烧39度降温，最好的方法是需要用退烧药的，可以口服布洛芬或者泰诺林，也可以用退热栓肛门直肠给药。

同时需要给孩子做一做物理降温，并且需要适当的让孩子多喝一些温水，室内的温度也需要降低一些，还可以让孩子衣服敞开降温，不可以多穿衣服，也不可以多盖被褥，孩子小中枢神经系统发育不成熟，越捂越热，容易高热惊厥。

也可以用冰袋或者冰枕给孩子降温，如果孩子的温度一直比较高，精神状态不好，需要及时到医院就诊。