囊胚移植胎停育的原因比较复杂，主要包括胚胎因素、母体因素、父亲因素和环境因素等。

胚胎停育是指胎儿或胚胎已经死亡，滞留宫腔内未能及时排出者。表现为早孕反应消失，有先兆流产症状。如腹痛及阴道出血等等。也有的患者没有任何症状。胚胎停育最常见的原因，胚胎或胎儿染色体的异常，约占50%到60%。另外，母体的因素，如母体的全身性疾病，如高血压、贫血、肾功能异常，及母体的生殖器官异常，如子宫畸形、子宫肌瘤、宫腔粘连。还有母亲的内分泌异常，也有可能会导致胎停育，比如黄体功能不足、高泌乳素血症、多囊卵巢综合症等等。还有一些母体的免疫因素对于胚胎停育的发生也起到了重要的作用。