质子重离子治疗肿瘤的临床效果已经得到了肯定，但并不是所有的肿瘤都适合质子重离子的治疗。作为一种高能粒子射线的放疗设备，他有优势，但也有局限之处，它的优势在于放疗的精准度以及对肿瘤的杀伤力大。就算是一些对普通放射线不敏感的那样癌细胞一样有杀灭作用，所以这一些普通放疗不敏感的肿瘤，比如肉瘤一样可以收到很好的疗效。另外，针对一些特殊部位，比如脑干或者脊柱的位置的放疗，质子重离子的定位更加精准，对周围的损伤更小安全度就更高。但是质子重离子只适合针对实体肿瘤的放疗，并且他不适合一些肠腔内的肿瘤放疗，因为容易引起放疗的溃疡穿孔，并且它的价格昂贵，难以普及。