百日咳和咳嗽变异性哮喘的区别在于：

百日咳是由百日咳杆菌感染后诱发患者出现明显的咳嗽、发热等症状，当患者处于经咳期时常常有明显的呼吸困难、气道痉挛。必要的时候需要解痉平喘等雾化治疗，来缓解患者出现呼吸困难症状。而咳嗽变异性哮喘是由于患者与各种过敏性物质等接触以后，诱发的一种不典型的哮喘，其典型症状往往是顽固性的咳嗽。需要通过肺功能实验室检查等明确，给予解痉平喘等药物后治疗有效，其往往与特殊的物质接触存在过敏性鼻炎等家族史有关。