肾结石手术时对肾脏进行打孔，这种操作对肾脏有伤害，但是并不是永久性的伤害，可以逐渐的恢复，并且即使是有伤害，其伤害程度也并不大。

肾结石的治疗方式主要取决于肾结石的体积大小。小于五毫米的结石可以单纯的多喝水，多运动，这样的情况下，结石就有机会随着尿液排出体外。但是如果结石的体积大于五毫米，就要进行体外冲击波碎石。如果体外碎石的效果差，或者是结石的体积大于两厘米，就要考虑手术治疗。治疗肾结石的手术方案有两种，一种是经皮肾镜碎石术，另一种则是输尿管软镜下的碎石术。经皮肾镜碎石术这种手术方式就需要在肾脏上打孔。