肾结石伴有肾囊肿，可以碎石。

结石和囊肿处于同侧时，一次手术可以完成两个疾病的治疗，首先通过经皮肾穿刺，建立穿刺通道，通过通道进行碎石取石治疗后，还可以根据囊肿的部位是否需要再次穿刺，进行囊肿抽液及烧灼治疗，如果无需再次穿刺，可以经过取石通道，对囊肿进行穿刺抽液和烧灼治疗。因此，肾结石伴有肾囊肿，并不是碎石的禁忌症，而且通过良好的通道选择和相关的手术技巧，可以一次手术治疗肾结石和肾囊肿这两种疾病。当然如果肾结石和肾囊肿不在同一侧肾脏，一次手术就无法完成两次疾病的治疗，要根据不同的情况采取不同的治疗方法。