半夜突然肚子疼，考虑是消化系统疾病引起。

首先考虑胆石症可以引起胆绞痛，绞易发生在夜晚，患者在夜晚睡觉转身的过程中，会导致胆囊类石头的位置发生改变，若石头卡在胆管口的位置会导致胆汁无法排泄，胆囊剧烈收缩而发生胆绞痛。同时12指肠溃疡比较典型的症状就是饥饿痛、夜间痛。因为半夜时食物已经完全消化，没有任何食物，胃酸继续分泌相对增多，没有食物中和胃酸，对胃黏膜造成刺激，从而导致半夜出现肚子疼痛，也可能是药物的影响。