肾盂输尿管重复畸形是一种先天性的疾病，一般不需要特殊治疗。

但是，肾盂输尿管重复畸形，相对正常的肾盂输尿管来说，更容易出现肾积水，反复泌尿系感染，产生泌尿系结石等并发症。在临床中，对于肾盂输尿管重复畸形合并有上述并发症时，一定要针对这些并发症来治疗。对于肾盂输尿管重复畸形导致的肾积水、泌尿系结石，往往需要通过手术治疗才能取得满意的治疗效果。严重的肾盂输尿管重复畸形，反复引起上述并发症时，也可以考虑通过手术切除重复的肾盂以及输尿管。