胚胎停止发育的病因十分复杂，其中夫妻双方及胚胎染色体存在异常也可能导致胚胎停止发育。还有遗传因素、血栓前状态、免疫因素、内分泌因素、解剖结构因素和感染因素。尽管如此，仍然会有部分的患者是不明原因发生的胚胎停止发育。

染色体异常包括染色体的数目和结构异常，胚胎停止发育发生的时间越早，染色体异常的概率就越高。另外，母体排斥、封闭抗体缺乏、抗磷脂抗体综合征等免疫因素也会导致胚胎停育。黄体功能不全、甲状腺疾病、糖尿病、胎盘功能异常、多囊卵巢也不利于胚胎的发育。而生殖器官的解剖异常，一些妊娠早期的严重感染，孕期接触放射性物质、化学物质，精神心理因素等等，都有可能造成胎停育。