首先需要治疗引起乳糖不耐受的病因，再针对病因治疗。

可以给孩子口服乳糖酶，人为的补充，来消化体内的乳糖。也可以给孩子配合益生菌，调理肠道菌群，促进胃肠功能的修复。如果孩子是因为病毒感染导致的肠胃功能紊乱，可以给孩子口服清热解毒、抗病毒的药物治疗，也可以配合调理肠胃的药物。如果考虑孩子是细菌感染引起的，需要使用敏感的抗生素抗感染治疗。如果是过敏导致的，需要寻找过敏的诱因并去除，可以加用抗过敏药物。