没有最好，只有说最合适，根据不同的辨证情况，来艾灸不同的穴位，通常艾灸神阙穴、关元穴等穴位，来治疗结肠炎。

艾灸具有温中补虚，温阳散寒，温经止痛的作用，主要是利用其温热和温通的特性，作用特定的穴位，一方面是利用其温度特性，实际发挥温补、温通的作用，另一方面了，还可以刺激穴位的功能，发挥相应的作用，而使作用更加持久。艾灸可以通过调节患者的免疫平衡，调节肠道的菌群，改善肠黏膜屏障功能，调解细胞凋亡等，来改善肠道的炎症反应，达到治疗结肠炎的效果。