对于矮小症的治疗方法目前有激素治疗法、心理辅导和原发病治疗三种方法。

对于矮小症的一般治疗通常包括原发病以及心理辅导，原发病的治疗主要是如果患者是因为颅脑外伤、放射性的因素、肿瘤占位等因素引起的继发性生长激素缺乏，除了要进行生长激素补充以外，还要对原发病进行外科手术治疗，另外对于心理因素或者肾小管酸中毒引发的矮小症，在积极的治疗原发病，消除病因以后身高也会慢慢恢复。对于心理辅导方面要关注患儿的心理健康，另外某些药物也有治疗矮小症的方法，例如重组人生长激素等等。