反复低烧头疼，说明是仍旧存在有感染因素未消除，在感染因素作用下可以释放炎性介质造成发烧，并出现头疼的症状。

这些感染因素可见于不同的病原体，如各种病毒、细菌、支原体、真菌感染等。

也可可累及身体不同的系统，如呼吸道感染、消化道感染、泌尿系感染以及中枢神经系统感染等。

可通过查血常规、C反应蛋白等初步的判断感染情况，并结合一些胸部CT、尿常规检查等辅助检查筛查各个系统的感染原因。

可通过血培养进行查找致病菌并进行药敏试验，一些细菌感染的予以敏感的抗生素治疗控制后，如感染被完全的控制消除则不会反复的出现低烧头疼。