肛瘘的手术对于内口的处理，主要是经过窦道查到内口的位置，然后将内口切除，结扎，对于内口的处理，对于肛瘘的治疗非常重要，因为如果不能准确找到内口或者不能将内口彻底切除，就会在治疗肛瘘后内口仍然存在一些感染灶和分泌物会经内口，向肛周蔓延，再次形成肛瘘复发或者是形成新的瘘管，这样会导致手术失败，所以，在治疗肛瘘的手术过程中一般是能够遵循瘘管，准确找到内口的位置，将内口和瘘管完整的切除，这样留下一些新鲜的创面逐渐愈合，才能达到治愈的效果。