三个月胎停，原因很多，最常见的原因是胚胎本身发育的异常，最多见的是胚胎的染色体异常。其次，考虑到孕妇本身的作用。

孕妇在怀孕前的内分泌失调最常见的是多囊卵巢，高泌乳素血症，以及甲状腺功能低下等，其次，孕妇重度的营养不良，合并严重的心脏病，肝肾损伤以及脑血管病等等，都可能造成胎停。其次，有可能是子宫本身的问题，也就是子宫有器质性的病变，比如子宫肌瘤，子宫腺肌症，双角子宫，双子宫，子宫纵隔，宫腔粘连等等，都可能造成胎停。