甲状腺增生肿大的原因有两大类：

第一大类、地方性甲状腺肿大。最常见的原因是碘缺乏。多见于山区和远离海洋的地区。

第二大类、散发性甲状腺肿大。散发性甲状腺肿大的原因比较复杂。

外源性因素包括食物中的碘化物，致甲状腺肿物质和药物等。

内源性因素包括儿童先天性甲状腺激素合成障碍，如TSH碘转运障碍、过氧化物酶活性缺乏、碘化物酪氨酸偶联障碍、异常甲状腺球蛋白合成、甲状腺球蛋白水解障碍、脱碘酶缺乏等。

上述障碍导致甲状腺激素合成减少，TSH反馈性增加，导致甲状腺肿大。