小便时肾会痛，要考虑两种情况：

第一种情况就是尿路感染。这种情况要考虑是结石的可能，尿路感染主要是肾盂肾炎导致的疼痛，通常是由于细菌逆行进入尿道进行感染，常见的细菌为大肠癌细菌。需要做尿常规和培养，来明确诊断。常用的药物有头孢类或者喹诺酮类，比如左氧氟沙星、头孢克肟、头孢地尼。要多喝水，勤排尿。

第二种情况就是结石，包括肾结石和输尿管结石，都会引起肾脏区域疼痛，需要做彩超或者CT，明确结石的大小后进行治疗。