引起小男孩生殖器官疼痛的原因比较常见的有以下几点，第一点就是生殖器官的外伤。小男孩被其他小朋友或者自己在玩耍时弄伤后，有可能会引起生殖器官的疼痛。第二点就是一些泌尿系统的感染。比如得了尿道炎等均会造成小朋友生殖器官的疼痛，这种情况是需要及时的到医院进行尿常规以及血常规的检查，必要的也是需要完善生殖器官的超声来进行检查的。所以，无论什么原因引起的小男孩生殖器官的疼痛，家长均需要给予重视，及时就诊。