脚底有囊肿痛，一般可以经过保守治疗或者是手术治疗。

保守治疗，可以通过挤压脚底部的囊肿，使囊肿破裂，囊液渗出，此时逐渐自行吸收，但是这种方法治疗容易复发。如果是与足底关节腔相通，不容易破裂的囊肿，则可以采用穿刺抽取囊液的方法，然后通过加压包扎或者是将囊液抽取后，通过注入激素或者透明质酸酶，局部再加压包扎，这样能够使囊肿消除。

但如果经过保守治疗均没有效果者，可以考虑手术切除。手术切除囊肿能够有效的避免囊肿的复发，能够有效的治愈囊肿。