临床上能够引起呼吸时肺一阵阵刺痛的疾病有很多，首先考虑是肺部相关疾病引起的，可能的肺部相关疾病包括肺炎、胸膜炎、气胸、胸腔积液、肺结核、肺脓肿和肺恶性肿瘤等。

想要明确病因，需要进行相关辅助检查，包括双肺CT检查、结核菌素实验、痰查结核分支杆菌、血常规、降钙素原、血沉、肿瘤标志物检查等，必要时还需要进行支气管镜检查，根据检查结果才能够明确病因。