肛瘘时间长不治疗的话，是容易反复发作的肛周流脓破溃感染，严重的可能会简单的肛瘘变成复杂的肛瘘，甚至有的会发生癌变。

所以，对于肛瘘还是以手术治疗为主。早治疗早愈合，如果拖的时间过久，就会发生癌变，或者变复杂的情况，那样对身体的危害就会加大，治疗难度也会更加困难，对于预后也会更差一些。对于肛瘘的治疗，要想彻底治愈的话，还是需要手术来治疗。手术将肛瘘切除或者切开，留下新鲜的创面，再慢慢地愈合。用药等保守治疗的措施，往往只能够缓解症状，不能够彻底的治疗，是会造成肛瘘反复发作的。