肛门一座就疼痛，有可能是有一些肛门周围的疾病，比如有痔疮水肿或者形成了血栓，有肛裂、肛窦炎、肛周脓肿等等。这些都是有可能会导致肛门疼痛的。

所以要想明确诊断，查明原因，最好的办法是到医院去就诊，让医生实际检查一下就知道了。在明确诊断之后，采取针对性的治疗措施，能达到更好的治疗效果。比如，如果有痔疮、肛裂、肛窦炎等疾病，可以先采用药物等保守治疗来处理。可以口服消肿止痛的痔疮药物，肛门使用痔疮膏、痔疮栓等药物来进行治疗。在饮食上要注意避免吃辛辣刺激性的食物，避免喝酒。还要注意避免久蹲、久坐等等，如果有肛周脓肿，可能就需要手术治疗了。