肺炎克雷伯感染的原因常常是由于内源性的感染及口咽部的定植菌随着分泌物误吸。

他的口咽部定植菌可以使患者自身原发性的，也可以是源自其他患者或者是医护人员的交叉感染所导致的。部分患者在雾化器吸入治疗时，由于器械的污染等有可能导致肺炎克雷伯菌的气溶胶吸入，当然这种情况是少见的，同时常常呈聚集性发病。患者在影像学可以出现大叶或者小叶分布的渗出性阴影，部分患者会出现血管栓塞，甚至组织坏死，伴有空洞和多发的肺脓肿。早期识别和治疗，对其预后有重要作用。