肺炎的治病菌是非常多的，而引起不同的病理学改变时，其病原学有一定的差异，如大叶性肺炎时常见的致病菌包括肺炎链球菌，肺炎克雷伯菌，肺炎流感嗜血杆菌，金黄色葡萄球菌，军团菌及其他的链球菌。

而引起小叶性肺炎常见的致病病原体为葡萄球菌，链球菌，流感嗜血杆菌，铜绿假单胞菌和大肠杆菌。

引起间质性肺炎的病原菌包括肺炎支原体以及呼吸道的病毒，包括呼吸道合胞病毒，带状疱疹病毒以及肺孢子菌等，而混合性病变时常常有以上病原菌并发二重的细菌感染。

粟粒性肺部感染时常常有疱疹病毒或者是肺部的结核菌以及难治性的组织胞浆菌、球孢子菌等引起肺部的炎症，还可以见于血型播散的肺结核。