三岁女孩肚子疼，有以下几个原因，

第一，要询问孩子肚子疼的部位，如果是脐周部位疼，这种一般是由于腹部着凉引起肠痉挛疼痛，或者有肠道感染，比如急性肠系膜淋巴结炎，胃肠炎，这就需要给予对症抗感染治疗。

第二，如果孩子表现右侧腹部疼，这种情况，考虑有急性阑尾炎，肠套叠或者输尿管结石等疾病，这就需要到医院做进一步检查以及治疗。

第三，如果孩子表现左侧腹部疼，这种主要是由于大便未解出现肠痉挛痛，这就需要保持大便通畅。