做了巧克力囊肿手术，大部分患者是能够怀孕的。

巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，而子宫内膜异位症是女性最常见的妇科疾病之一。主要表现为进行性加重的痛经、不孕等等。如果女性诊断了巧克力囊肿并且伴有不孕的话，应该积极进行治疗，治疗以后能够有效的改善女性的生育功能。但是也有一部分患者，尤其是双侧巧克力囊肿的患者，在手术治疗之后，会造成卵巢功能下降从而引起排卵障碍，导致不孕等情况。