在临床上并没有预防疱疹性咽峡炎的药物，也没有治疗疱疹性咽峡炎的药物。

如果周围有疱疹性咽峡炎病人，只有对病人进行隔离，并对病人学习生活过的环境进行消毒处理来进行预防。疱疹性咽峡炎是由于肠道病毒感染引起的急性上呼吸道传染病，都是对病人进行隔离防止传染给其他人来进行预防，一旦疱疹性咽峡炎发作也多以对症治疗为主。疱疹性咽峡炎症状发作以前一般无明显临床症状，无法知道是否被传染。