卵巢巧克力囊肿术后可以通过药物治疗来降低复发几率，有利于改善盆腔环境，有利于再次怀孕。

巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症的其中一个表现，由于它是子宫内膜组织长在卵巢组织内部形成的。而做手术只能切除肉眼可见的囊肿，对于卵巢组织内可能存在的其他肉眼不可见的细小的病灶不能清除。所以手术以后可以采用口服短效避孕药，或者注射亮丙瑞林、曲普瑞林，口服高效孕激素等方法来降低复发几率，有利于改善盆腔的炎症反应情况，对于以后的怀孕有好处。