妊娠后发生自然流产的原因有很多，主要包括胚胎因素、母体因素、父亲因素以及环境因素。

胚胎因素包括胎儿的染色体结构或者数目存在异常，这也是早期流产最常见的原因。父亲精子染色体异常，妊娠期间接触过多有毒有害的化学物质，放射线物质也会导致流产的发生。母体因素主要是指母亲有全身性的疾病，如严重感染，高热，贫血，心衰，慢性消耗性疾病等。母体生殖器存在异常，母体的内分泌以及免疫功能存在异常，母体受到强烈的应激刺激，有不良的生活习惯，如过量吸烟，酗酒，过量饮用咖啡等都有可能导致流产。