怀孕九周的时候，如果胚胎停止发育，可以进行药物流产，但这不是一个最佳的选择，九周胎停，最好进行人工流产，刮宫手术处理。

在孕九周的时候进行药物流产比较容易发生胚胎残留，流不干净，还需要再进行人工流产，刮宫手术所耗费的时间，精力以及经济成本都会相对来说更高一些。胎停的胚胎本身发生残留的概率就更高，而且孕九周已经超过了药流的最佳时间段了。在孕九周，胎停这个时候可以进行一些相关胎停指标的检查，筛查引起胎停的原因，比较常见的原因包括胚胎自身染色体的畸型，孕妇免疫指标异常。可以进行绒毛染色体化验，孕妇可以验血检测自身抗体、心磷脂抗体、糖蛋白抗体、蛋白c、蛋白s等等免疫筛查指标。