凌晨两三点钟咳嗽多考虑是过敏性咳嗽的原因引起的症状，是由于气道高反应性导致的气道对冷空气过度敏感而出现的凌晨咳嗽的症状。

治疗上需要给予止咳抗过敏治疗来缓解症状，临床上常用的药物包括：止咳药有复方可待因口服液、复方甲氧那明胶囊、氢溴酸右美沙芬口服液、苏黄止咳胶囊等，抗过敏药有枸地氯雷他定、马来酸氯苯那敏、酮替芬、孟鲁斯特、左西替利嗪等。在用药的同时，患者还需要清淡饮食，忌辛辣。