小便时腰右侧刺痛可能是输尿管结石引起的。输尿管结石绝大多数都属于肾结石，在往下排的过程中掉入输尿管引起梗阻造成的。输尿管结石主要与饮食、饮水、环境、体质、个人因素和遗传因素有关，它是多种因素共同制约引起的。

根据结石的部位不同、大小不同，可以选择不同的诊疗方案和治疗计划来处理。如果就是体积小于六毫米，可以通过多喝水，多运动，配合口服扩张输尿管的药物：盐酸坦洛新缓释片和促进输尿管蠕动的药物：琥珀消石颗粒来促进结石排出。

如果结石的体积在2到3公分以上，并且引起肾脏积水，建议通过经皮肾镜的方式来处理结石。