早孕期胎儿停止发育原因分为三个方面，最常见的情况大概占胎儿停止发育的60%到70%，胎儿停止发育是由于胚胎自身因素引起，也就是胚胎在父亲和母亲减数分裂的过程中，由于异常受孕甚至减数分裂不正常，引起单倍体多倍体的发生，从而引起胚胎染色体基因异常，引起早期妊娠的淘汰流产，进而形成胎儿停止发育，母体因素占的比例比较小，胚胎正常正在发育，但是母体同时合并高血压、糖尿病、贫血、甲亢等内分泌疾病或者外科疾病，比如阑尾炎、急性腹膜炎、急腹症引起孕妇下腹痛等，胚胎在子宫内的情况非常恶劣，进而引起胚胎停育，外界因素比如母亲接触毒物毒素等也有关系。