结膜炎属于眼表的疾病，一般不严重。

不会留下有后遗症，只有少数因并发角膜炎症出现视力损害，大部分病毒性和细菌性结膜炎是自限性病症，一般不会出现严重的并发症，病毒性结膜炎一般10到14天即可消退，急性细菌性结膜炎治疗后2到5天都有明显的改善，然而，慢性结膜炎大多无法自愈。非经治疗的新生儿链球菌性结膜炎，可迅速进展到角膜穿孔，季节性过敏性结膜炎患者周期性复发很常见，避免接触过敏源与过敏性结膜炎的良好预后相关。