药物流产后导致不孕的最主要的原因可能是药物流产的过程中出血多，出血时间长，引起盆腔的炎症导致输卵管功能受损。

药物流产是指应用米非司酮加米索前列醇来使胚胎排出体外的一个过程。在这个过程中如果发生胚物排出不完全会导致阴道流血时间长或流血多，这样会导致盆腔的慢性炎症会波及到输卵管，导致输卵管通而不畅或输卵管完全闭塞。

如果发生了这些情况会导致不孕症的发生，或者引起宫外孕。