子宫内膜异位症伴有附件包块者，如卵巢巧克力囊肿应首选手术治疗，手术治疗指征有：

1.卵巢巧克力囊肿直径≥4厘米。

2.合并不孕。

3.痛经药物治疗无效，手术以腹腔镜为首选，手术治疗的目的为切除病灶，恢复解剖，适用于药物治疗后症状不缓解、局部病变加剧或生育功能未恢复者。

对于年轻有生育要求的患者应行保留生育功能手术，即切除异位内膜病灶，保留子宫一侧或双侧卵巢，术后应尽早妊娠或使用药物以减少复发。

对于无生育要求的45岁以下患者可行保留卵巢功能手术，即切除盆腔的病灶及子宫，保留至少一侧或部分卵巢。对于45岁以上重症患者，建议行根治性手术，即将子宫双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除。