男性尿完后刺痛，首先考虑的是泌尿系统的感染，如急性尿道炎、急性膀胱炎、急性肾盂肾炎，其中患者要注意的是急性尿道炎。因为急性尿道炎，致病菌较为广泛，如果是淋病奈瑟菌引起的急性尿道炎则患者要避免与性伴侣进行性生活，因为会造成传染。

泌尿系结石经尿道口排出，也会造成尿道口疼痛，因为结石嵌顿在尿道口会产生刺激，引起尿道口疼痛。肿瘤晚期侵犯尿道可能造成尿道口疼痛或者排尿不畅甚至尿储留。以上情况都有可能引起患者尿道疼痛，如果是尿道炎就需要进行抗炎治疗。