一般的肛瘘是不需要常规进行肠镜检查的，但是如果肛瘘反复发作或者肛瘘比较复杂时，是可以进行肠镜检查的。

主要是排除炎性肠病所引起的肛瘘表现，最常见的就是克罗恩肛瘘。克罗恩病是炎性肠病的一种，除了有时会有腹痛、腹胀、黏液血便等不适，有时也会有肛门外的表现，最常见的就是比较复杂的瘘管，并且不容易愈合。如果肠镜检查发现有克罗恩病，需要一并进行治疗。