怀孕40天轻微肚子疼，常见的原因有怀孕早期正常的子宫增大反应、宫外孕、卵巢囊肿或者有宫腔积血、先兆流产。

怀孕40天，也就是平均40天左右，这个时候通过b超检查是能够看到孕囊是否在宫腔内的，如果孕囊位于宫腔内，排除宫外孕的情况，没有宫腔积液，考虑是正常的子宫平滑肌拉伸扩张引起的疼痛，尤其表现为针刺样疼痛，一过性的，可以自行缓解，而如果有一侧小腹部长时间持续性隐痛，就要考虑宫外孕的可能。