怀孕三个月，突然发生胚胎停育，这种病因是比较复杂的，主要常见的临床病因包括遗传因素，也就是说流产的夫妇，或者是胚胎的染色体发生了异常，可以引起胚胎停育。

另外，生殖道解剖结构异常，例如纵隔子宫、单角子宫等，也容易造成胚胎停育。另外，还有内分泌因素，比如黄体功能不全、高泌乳素血症、甲状腺功能异常。还有生殖道感染、血栓前状态、免疫因素等，还有不明原因。现在常见免疫因素占复发性流产的50%到60%，最常见的有自身免疫型，还有同种免疫型。所以临床上，对于尤其有超过两次胚胎停育的病人，建议详细的夫妇双方检查。