牙齿囊肿的手术，一般情况下，如果是根尖囊肿，最好先对牙齿进行完善的根管治疗，有可能是一颗牙，也有可能累及多颗牙齿，然后再对患牙进行根尖外科手术，有的情况，需要观察三个月以后，再进行根尖囊肿手术，根尖囊肿手术的过程是将牙龈切开，然后翻拌去除部分骨头，在导板的定位下，进行囊肿的切除，待囊肿拿掉以后，然后再对囊腔进行冲洗，彻底搔刮，然后如果必要，可能还要用一些材料进行充填填塞或者明胶海绵填塞。

最后，将牙龈缝合起来，一个礼拜后拆线，观察3到6个月以后，要再拍CT，复查看炎症范围是否有缩小，再看骨头的愈合情况，如果已经愈合了，将来一年观察一次。