婴儿消化不良的治疗方法常用的包括使用益生菌：最常用的益生菌包含妈咪爱、常乐康、培菲康，米雅益生菌等，益生菌可以帮助调节肠道菌群，帮助宝宝消化所吃入的食物。

还可以使用含有一些中成药物的、促消化的成分的药物，比如说复方胃蛋白酶，还有健胃消食口服液，都是一些可以帮助宝宝增加食欲、促进消化的一些药物。

也可以采用推拿的方式，推拿还是建议家长带宝宝去正规医院挂中医门诊，一般现在很多医院都开通了中医门诊，不要在外面私人商家推拿店给宝宝进行推拿。