一般情况下，肛周脓肿如果不及时治疗，可能会反复迁延很久，持久不愈。

肛周脓肿引起的原因主要是由于肛门直肠里面有肛窦，肛窦发炎并形成感染，感染灶可蔓延到肛门周围的脂肪和肌肉之中，然后炎性物质在脂肪肌肉之中迅速扩散，形成局部的脓肿，当脓肿自肛周的皮肤表面破溃，脓液溢出以后，疼痛就暂时性的缓解了，外口也会逐渐的闭合，但是，由于肛门和直肠内的肛窦原始病灶没有清除，而且由于直肠内的压力大于瘘管内的压力，因此肠道内的细菌等一些炎性物质还会在压力的作用下，从肛窦不断的进入瘘管形成持续的感染，当它聚集到一定量的时候，又会以急性肛周脓肿的形式爆发出来，所以不经治疗，肛周脓肿可能会反复的发作，但是也有个案的情况，极少数人的瘘管可自行闭合，不再发生第二次感染。

对于绝大多数的患者来说，出现肛周脓肿应当及早的手术治疗，以防迁延不愈。