检查确定乳糖不耐受是要靠医院进行一些检查，常用的有氢呼气试验、乳糖耐量试验和小肠活检。

现在比较常用的是氢呼气实验，是一种无创检查，操作比较简单。测定方法是通过口服乳糖。在基线时和摄取乳糖后的每半小时测定呼气中的氢气浓度，三小时内的氢气浓度与基线值相比升高大于20 ppm可判定为乳糖吸收不良，乳糖耐量试验要在口服乳糖后再0、60、120分钟检测乳糖水平，血糖水平，如果增加小于200毫克每升可诊断为乳糖吸收不良，但是这种方法是有创的，而且需要多次采血假阳性率高，特异性差，目前已经很大程度上被前面所述的氢呼气试验取代了。小肠活检是有创检查。很少使用，而在基层医院或者没有条件做轻呼气实验的医院，可以让医生根据孩子的症状来判断。判断的依据就是在孩子食用乳制品后，出现了乳糖不耐受的症状。主要的症状有腹胀，肠鸣音亢进、肠绞痛、腹泻、恶心呕吐，有一部分孩子可能会因为肠道运动减弱而出现便秘。症状的严重程度与进食乳制品的量有关。